Fiskebestander
Havet utenfor Lofoten og Vesterålen er rikt på bunnfisk som torsk, hyse, steinbit, blåkveite og uer. Nordøstatlantisk torsk - skreien - har sitt viktigste gyteområde her. Også hyse gyter utenfor Lofoten og Vesterålen. Etter gytingen driver egg og larver nordover langs kysten. Norsk vårgytende sild - en av verdens største fiskebestander - gyter utenfor øyene og bruker området som beiteområde. Norge forvalter både torsk, hyse og sild sammen med andre nasjoner og har et internasjonalt ansvar for å ta vare på bestandene.
Sjøpattedyr
Lofoten og Vesterålen er viktig som overvintringsområde for spekkhoggere. Gruppene med spekkhoggere kommer normalt på høsten og kalver i området om vinteren. Bleiksdjupet utenfor Andøya er viktig for spermasetthval, og også finnhval og vågehval opptrer i området. Vesterålen har en stor bestand av steinkobbe.
Sjøfugl
Lofoten og Vesterålen er viktig hekke- og overvintringsområde for et stort antall sjøfugl. Røst er fastland-Europas største koloni av lundefugl. Lofoten og Vesterålen har flere viktige kolonier av lomvi og toppskarv. Havørn, krykkje, havsule,
storskarv, ærfugl og flere alkefugler hekker også i området. Ender og vadefugler raster her på vei til og fra hekkeområder.
Koraller og havbunn
Langs eggakanten (kanten av kontinentalsokkelen) er det korallrev, svamper og et rikt dyreliv på havbunnen. Kaldtvannskorallrev gir beskyttelse til svært mange arter og er blant annet oppvekstplasser for fisk. Røstrevet er verdens største korallrev av arten Lophelia – 45 km langt og 3 km bredt. Langs kysten er det store tareskoger som også gir mat og beskyttelse for fisk, fugl og andre arter.
Trusler fra oljeindustrien
Produksjon og transport av olje og gass til havs vil alltid innebære en risiko for utslipp av olje. Statfjord A-utslippet i Nordsjøen i desember 2007 er en fersk påminnelse om det. 4000 tonn råolje gikk ut i havet under værforhold som gjorde at
oljelenser ikke kunne brukes. Lofoten og Vesterålen har tøffe værforhold og begrenset dagslys om vinteren, noe som øker faren for ulykker og utfordringene for oljevernberedskapen større.
Siden sokkelen utenfor er så smal, vil eventuell oljevirksomhet foregå uforsvarlig nær land. Alle typer installasjoner eller aktivitet innebærer en risiko for utslipp, det være seg leteboring, bunninstallasjoner, flytende plattformer, rørledninger eller økt skipstrafikk.
Et stort oljeutslipp kan ha potensielt dramatiske konsekvenser for naturressursene, inkludert sjøfugl, sjøpattedyr og fiskeegg og -larver. Effektene av globale klimaendringer er allerede observert, og varmere hav kan ha uforutsette konsekvenser for livet i havet. Det er derfor nødvendig å redusere andre påkjenninger på økosystemene, og sørge for å ha robuste bestander som kan tåle de nye påkjenningene.